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古くは、天皇陛下や、天皇陛下のご命令やご意向（勅旨）を伝達するために寺院を訪れる勅使がお越しの時のみ開門しました。
「大玄関」
大玄関の前に広がる白砂の手前には、通常、青竹の結界が張られており、本来は、天皇陛下が行幸された場合のみ、その結界が開けられます。
「玉座」
後水尾天皇が座した玉座を配した「玉座の間」の天井は、特別な造りの格(ごう)天井となっています。
1619年（元和5年）に徳川幕府第2代将軍「徳川秀忠公」の息女「和子姫」が後水尾天皇（ごみずのおてんのう）の后（きさき）として正式に御所に入る際に建てられました。その後、1647年（正保4年）に京都御所より譲り受けた建物です。
宸殿（しんでん）の南側に広がる庭園は、室町時代の相阿弥の作と言われ池泉鑑賞式のお庭です。春は山桜、夏は天然記念物のモリアオガエルなど季節によってさまざまな姿を見せて心を癒してくれます。
今からおよそ390年の昔（江戸初期）、東海道五十三次の大津の宿場（大津の追分・大谷）で軒を並べ、街道を行き交う旅人等に縁起物としての神仏画を描き売ったのが始まりです。初期から近世に至るまでの大津絵と貴重な資料が観賞できます。
毎月第2日曜日、28日はお不動さんの日。本院に伝わる、秘仏金色不動明王の不思議なお力で運を開き、願いをかなえる護摩供を厳修致します。近畿36不動尊第25番霊場の「圓満院 護摩堂」では、毎月28日、第2日曜日に不動護摩が行われます。
歴代天皇のお位牌を泰安し、ご供養申し上げております。
天智天皇・天武天皇・持統天皇が産湯をつかったとされる湧き水です。長寿がかなうと言われている開運の湧き水を、無料で差し上げます。（ペットボトルなどをご持参ください。）
受付には売店もあり、大津絵のポストカードなど記念品を販売しております。また、2階は、200畳の「三井寺ホール」、3階は納骨仏壇がございます。
遊々亭は、お食事処として利用されております。また、宿坊でお泊りの園児の餅つき会場になったり、一般の方の食事処になります。のんびりとした時間を是非「遊々亭」でお過ごしくださいませ。
湧き水「三井の名水」でできた美味しいダシの開運そばです。ランチや少しお腹が空いた時など、気軽にお立ち寄りください。
